Voici comment utiliser VMD en quelques étapes faciles. Tu aura besoin de la [molécule d'eau (water.pdb)] D'autres molécules sont disponibles (en format zip) sur la page Molecules

• Démarre VMD
  • Dans la fenêtre VMD Main
    • Ouvre File
      • New Molecule
        • Browse
        • Choisi l'emplacement où tu as sauvegardé water.pdb
        • Load

Maintenant tu vois la molécule dans la fenêtre de visualisation. Manipule la molécule avec les boutons de la souris

• Gauche : Toutes directions
• Roulette enfonçée (ou bouton droit) : rotation
• Rotation de la roulette : zoom

Tout va bien ? Alors on continue !

C'est pas très intéressant de voir deux lignes représenter une molécule. On peut changer la représentation en effectuant les opérations suivantes :

• VMD Main
  • Graphics
    • Representations
      • Drawing Method
        • Commence avec CPK dans la liste déroulante

Tu vois maintenant une représentation plus familière : celle que l'on utilise dans les livres. Amuse-toi à essayer les différentes représentations et fait des recherches sur les avantages de représenter certaines formes plutôt que d'autres.

Pour sauvegarder ton projet :

• VMD Main
  • Save State
  • Pour retrouver ton travail, je te suggère de sauvegarder la molécule sous la forme représentée : alors on sauvegarde sous eau_cpk (le logiciel va ajouter automatiquement l'extention *.vmd)

Avant de continuer plus loin dans tes recherches, tu vérifie si tout est sauvegardé comme il le faut. Ferme VMD puis ouvre une nouvelle session :

• VMD Main
  • Load State
    • Tu vas voir le fichier que tu viens de sauvegarder : eau_cpk.vmd
    • Tu vas voir apparaître la molécule d'eau sauvegardée sous forme CPK !!!!

Explore maintenant avec une molécule plus complexe comme l'ADN

• Quelles sont les différences?
• Comment tu explique qu'il y a plus de représentations disponibles ?
• Quels sont les avantages et inconvénients de ces différentes représentations ?

Bonne chance dans ton projet.

Si tu as des questions, n'hésite pas à m'écrire :)